visNetwork

visNetwork est un package R pour la visualisation de réseau, utilisant la bibliothèque javascript vis.js. J’ai utilisé ce package pour générer les réseaux de gènes/protéines de MONet. Ce package sintègre parfaitement dans une application web Shiny.

Comment faire ?

1- Installer le package

1
2
3
4
install.packages("visNetwork")

# Ou la version développeur 
devtools::install_github("datastorm-open/visNetwork")

2- Importer la librairie

1
require(visNetwork, quietly = TRUE)

3- Générer un graphe

1
2
nodes <- data.frame(id = 1:3, label=LETTERS[1:3])
edges <- data.frame(from = c(1,2), to = c(1,3))

4- Ensemble du code

1
2
3
4
5
require(visNetwork, quietly = TRUE)

nodes <- data.frame(id = 1:3, label=LETTERS[1:3])
edges <- data.frame(from = c(1,2), to = c(1,3))
visNetwork(nodes, edges, width = "100%")

Pour le sauvegarder en HTML

1
2
3
4
5
6
7
require(visNetwork, quietly = TRUE)

nodes <- data.frame(id = 1:3, label=LETTERS[1:3])
edges <- data.frame(from = c(1,2), to = c(1,3))

network <- visNetwork(nodes, edges, width = "100%")
network %>% visSave(file = "network.html")