Mes vidéos
LA REPRODUCTIBILITÉ AU SERVICE DE LA BIOLOGIE COMPUTATIONNELLE (ARAMIS 2019)
Description
La reproductibilité au service de la Biologie computationnelle Les outils de reproductibilité choisis ont tous des équivalents fonctionnels (docker/singularity, snakemake/nextflow, jupyter/Rmarkdown, …) Une étude récente publiée dans Nature a montré que près de 70% des expériences en Biologie ne sont pas reproductibles. Il est donc indispensable de mettre en place des bonnes pratiques afin de garantir l’intégrité des données et la reproductibilité des résultats d’analyse. Concernant les données, les principes FAIR-data sont de plus en plus utilisés. Ces mêmes principes peut être détournés au service des analyses pour garantir des résultats identiques à partir d’un même jeu de données et au cours du temps..L’objectif de cette présentation est de proposer un panel de fonctionnalités permettant de rendre reproductible une analyse complète de bioinformatique. L’exemple présenté a pour but de sélectionner des gènes qui ne se comportent pas de la même façon entre deux conditions expérimentales. Les fonctionnalités présentées ne sont pas dépendantes de cet exemple. En effet, elles peuvent être appliquées à n’importe quelle autre question biologique.Brièvement, nous récupérons les données depuis les bases de données publiques (ENA/SRA), nous réalisons une analyse reproductible avec un système de workflow (snakemake) dans un environnement virtuel (docker) dont l’ensemble du code, versionné (git), est disponible en open source (Github et dockerhub). La visualisation des résultats est dynamique (shiny app) et un rapport (Rmarkdown) en pdf ou html est disponible. Il regroupe les résultats de l’analyse et détaille l’ensemble des paramètres choisis par l’utilisateur.
Lien vers la vidéo originale : ici
Ma soutenance de thèse
A venir…
Les vidéos citées dans la thèse
Les vidéos sont classés dans l’ordre d’apparition dans le manuscrit.
Hans Rosling’s 200 Countries, 200 Years, 4 Minutes - The Joy of Stats - BBC Four
Description
Hans Rosling’s famous lectures combine enormous quantities of public data with a sport’s commentator’s style to reveal the story of the world’s past, present and future development. Now he explores stats in a way he has never done before - using augmented reality animation. In this spectacular section of ‘The Joy of Stats’ he tells the story of the world in 200 countries over 200 years using 120,000 numbers - in just four minutes. Plotting life expectancy against income for every country since 1810, Hans shows how the world we live in is radically different from the world most of us imagine.
Page dans le manuscrit : 48
David McCandless: La beauté de la visualisation des données
Description
David McCandless transforme des ensembles de données complexes comme les dépenses militaires mondiales, les buzz média, les mises à jour de statuts Facebook et bien plus en diagrammes beaux et pourtant simples. Il propose le design d’information comme un outil pour nous permettre de naviguer dans la surabondance d’information d’aujourd’hui, et il trouve des modèles et des connections uniques qui pourraient bien changer notre façon de voir le monde.
Page dans le manuscrit : 49
We have to change the culture of science to do better research: Uri Alon at TEDxLausanne
Description
Uri Alon is a unique scientist. After contributing game-changing ideas to the fields of network analysis and systems biology, he focused on another type of change: the way we do science. He spread his ideas about empathy in science to the highest echelons of scientific institutions around the world using simple black-board lectures and his guitar. He calls upon scientists to form peer groups to support one another and to change the culture of science at their institution.
The moment you are deepest in the cloud of confusion is when you are closest to discovery. However, scientific method is typically taught as a completely rational process with clear steps from question to answer. To teach ourselves about being creative in the cloud of confusion, we can learn from a completely different field : improvisation theatre. Uri speaks about his journey through science and what he learned about doing science from his experience as an improvisation theatre actor.
Page dans le manuscrit : 88
Présentation de l’outil Pixel (version Française)
Description
Présentation de l’outil Pixel2.
Page dans le manuscrit : 94
Cours d’ACP (partie 1/3) : données et problématique
Description
Introduction à l’analyse en composantes principales (ACP).
Quels sont les objectifs de l’analyse en composantes principales ?
Sur quels jeux de données ?
Page dans le manuscrit : 140
Comment l’Intelligence artificielle révolutionnera-t-elle la santé? | Cedric Villani | TEDxSaclay
Description
L’intelligence artificielle est l’affaire de tout le monde
Elle représente un enjeu très important dans notre société.
Comment faire en sorte qu’elle profite à tous ?
Cedric Villani nous explique comment par exemple l’intelligence artificielle permet une analyse de données médicales plus poussée qui peut aider à ce que les maladies soient mieux dépistées
Au stade de développement où elle se trouve, l’intelligence artificielle reste un enjeu de société et, à ce titre, doit être débattue publiquement. C’est aussi en ce sens qu’elle est intéressante.
Gardons-nous de la condamner ou de l’encenser. Quoique son histoire soit plus ancienne, elle commence seulement maintenant à s’écrire à travers des applications concrètes susceptibles d’impacter vraiment notre quotidien et la société dans son ensemble. Cédric Villani est un mathématicien et homme politique français, directeur de l’Institut Henri-Poincaré ainsi que professeur à l’université Claude Bernard Lyon. Normalien, il a reçu la médaille Fields (équivalent du Prix Nobel) en 2010, mais aussi le Prix Fermat en 2009 ainsi que le Prix de l’European Mathématical Society en 2008. En juin 2017, il est élu député pour le mouvement La République en marche ! dans la cinquième circonscription de l’Essonne.
Page dans le manuscrit : 219
L’IA en médecine : une lubie technophile de plus ?
Description
“L’IA en médecine : une lubie technophile de plus ?”
Colloque “Intelligence Artificielle et Santé”
Kremlin-Bicêtre, 25/11/2019
Page dans le manuscrit : 219
How to read the genome and build a human being | Riccardo Sabatini
Description
Secrets, disease and beauty are all written in the human genome, the complete set of genetic instructions needed to build a human being. Now, as scientist and entrepreneur Riccardo Sabatini shows us, we have the power to read this complex code, predicting things like height, eye color, age and even facial structure — all from a vial of blood. And soon, Sabatini says, our new understanding of the genome will allow us to personalize treatments for diseases like cancer. We have the power to change life as we know it. How will we use it?
Page dans le manuscrit : 221
Synthèse des protéines: Traduction
Description
Processus de fabrication des protéines par la cellule eucaryote. Deuxième étape: traduction.
Page dans le manuscrit : Annexe